La estructura de directorios de los módulos debe imitar la del directorio application/ de la estructura de proyecto recomendada:

<modulename>
    configs/
        application.ini
    controllers/
        helpers/
    forms/
    layouts/
        filters/
        helpers/
        scripts/
    models/
    services/
    views/
        filters/
        helpers/
        scripts/
    Bootstrap.php

El propósito de estos directorios sigue siendo exactamente el mismo que el de la estructura de directorio de proyecto recomendada.